隠れキリシタンの歴史から長崎はキリスト教の信者が多い地域ですが、伊王島も禁教時代の潜伏地のひとつで、現在も住民の半数がキリスト教信者といわれています。
 
禁教令がまだ解けていない1871（明治4）年、沖之島の馬込（まごめ）地区に椎山小聖堂という会堂を信者自ら建設。これが馬込教会の発端です。そして、解禁後に赴任したマルマン神父によってレンガ造の教会が1890（明治23）年に完成しますが、1927（昭和2）年と1930（昭和5）年の台風で崩壊してしまいます。直ちに再建が図られ、台風に耐えられる鉄筋コンクリート造の教会が1931（昭和6）年に竣工し、現在に至ります。

再建された馬込教会は、松岡孫四郎神父の指導の下で伊王島の大工棟梁 大和和吉が施工したといわれています。ただし、松岡神父が設計したかどうかは分かりません。
 
構造は前述の通り鉄筋コンクリート造。様式はゴシックで、大小多数の尖塔や尖塔アーチ、柱型によってファサードは過剰なまでに垂直性が強調されています。正直なところ上手なデザインとはいい難い。また、側面や内陣側はそれほど装飾過多ではなく、突出したファサードが全体のバランスを崩している印象も否定できません。本物のゴシック建築を知らない当時の日本人の限界といってしまえばそれまでですが、しかし、その不器用な面を含めてこそ長崎の教会建築は魅力的なのです。
 
筆者の訪問時は施錠されていたので内部は見ていませんが、平面は三廊式、天井は尖塔アーチによるリブ ヴォールト天井とのこと。